Historia Rotten Tomatoes został uruchomiony 19 sierpnia 1998 roku jako autorski projekt Senha Duonga. Celem jego twórcy było „stworzenie serwisu internetowego, w którym użytkownicy mogliby mieć dostęp do recenzji różnych krytyków z USA”. Na pomysł projektu wpadł, gdy jako fan Jackie Chana zaczął zbierać recenzje filmów z jego udziałem, które zaczęły pojawiać się w Stanach Zjednoczonych. Pierwszym filmem zrecenzowanym w serwisie był Kochankowie z sąsiedztwa. Serwis szybko zyskał popularność, z tysiąca odsłon dziennie w pierwszym miesiącu funkcjonowania do miliona wizyt w ciągu grudnia 1998, ponad 2 milionów w ciągu stycznia i 3,7 miliona w ciągu lutego 1999. W kwietniu 2000 roku, na Rotten Tomatoes „zajrzało” 7 mln internautów.
Duong wraz z dwudziestoparoletnimi partnerami, kolegami z uniwersytetu w Berkeley – Patrickiem Lee i Stephenem Wangiem założyli firmę „Design Reactor”, która miała obsługiwać Rotten Tomatoes, oficjalnie otwartego 1 kwietnia 1999 roku. W czerwcu 2004 serwis został kupiony przez IGN Entertainment. IGN Entertainment zostało z kolei wraz z Rotten Tomatoes przejęte przez Fox Interactive Media, należącej do News Corp. 4 kwietnia 2010 News Corp poinformowało, że Rotten Tomatoes zakupił Flixster.