Rządy Pawła I Po objęciu rządów w Rosji przez Pawła I doszło do zmiany nastawienia władz wobec unitów. Nowy car był im niechętny (chociaż przychylnie odnosił się do katolicyzmu obrządku łacińskiego), jednak jego polityka była programowo zaprzeczeniem działań jego matki. Paweł I zgodził się na reaktywację trzech diecezji unickich i nakazał zaprzestanie działalności misyjnej prawosławnych hierarchów. Unitów podporządkowano Kolegium Duchownemu kierowanemu przez zwierzchnika Kościoła łacińskiego w Rosji.
Rządy Aleksandra I 200px|mały|Jozafat Bułhak Aleksander I kontynuował tolerancyjną politykę w stosunku do unitów. W okresie jego panowania ich liczbę szacuje się na 1 398 478 wiernych, w rękach unitów pozostawało ponadto 91 klasztorów i 1388 parafii. Równocześnie za czasów Pawła I i Aleksandra I ok. 200 tys. wiernych Kościoła unickiego zmieniło obrządek na łaciński, co miało uchronić ich przed konwersją na prawosławie. Tendencja ta spotkała się z protestami biskupów unickich.