Decyzją nr 172/MON z dnia 1 czerwca 2012 wprowadzono odznakę pamiątkową Jednostki Wojskowej AGAT. Ma ona wymiary 30 mm x 50 mm i jest to sylwetka orła na wzorze odznaki skoczka spadochronowego w kolorze srebrnym, symbolizująca specyfikę działania. Odznaka pamiątkowa jednostki nawiązuje do Znaku Spadochronowego (pikujący orzeł), symbolu Grup Szturmowych (monogram GS) oraz zdolności jednostki do prowadzenia działań w każdym rejonie świata (glob ziemski otoczony wieńcem dębowo-laurowym).
Decyzją nr 194/MON z dnia 28 listopada 2019 wprowadzono nowy, obecnie obowiązujący wzór odznaki pamiątkowej JW AGAT. Jest on tarczą o wymiarach 30 mm x 53 mm, podzieloną w połowie wysokości w lewy skos. Górny pas tarczy jest czarny, dolny – zielony. Kolory te są tradycyjnymi barwami Wojsk Specjalnych. Pośrodku znajduje się sylwetka stylizowanego orła z odznaki skoczka spadochronowego – w kolorze srebrzystym. Symbolizuje ona działania oraz charakter jednostki specjalnej. U podstawy tarczy widoczny jest glob ziemski również w kolorze srebrzystym, który symbolizuje gotowość jednostki do podjęcia działań bojowych w dowolnym miejscu na świecie w obronie interesów Rzeczypospolitej Polskiej. Na wizerunku globu widnieje napis „AGAT” (nazwa jednostki).