Istotnym elementem treningu jest współdziałanie z partnerami z innych resortów oraz służb mundurowych, a w szczególności z Policją, Strażą Graniczną i Państwową Strażą Pożarną. Cykliczne szkolenia pozwalają na zbudowanie świadomości i zrozumienia w zakresie procedur, a także przygotowanie do potencjalnych operacji reagowania kryzysowego. Główni partnerzy szkoleniowi JWA to żołnierze z GROMU, JWK, Formozy i siły specjalne z krajów NATO oraz współpracujących, m.in. z Czech, Gruzji, Kanady, Słowacji, USA oraz Wielkiej Brytanii. Żołnierze Jednostki Wojskowej Agat są także absolwentami szkolenia w Gujanie Francuskiej, gdzie swoją siedzibę ma 3 Regiment Legii Cudzoziemskiej w którym szkolą się żołnierze wojsk specjalnych z całego świata.

Szkolenia odbywają się również w warunkach górskich. Kilkunastu komandosów JWA przez trzy tygodnie szkoliło się we francuskich Alpach, gdzie m.in. uczestniczyli w ekstremalnym kursie prowadzonym przez instruktorów z Ośrodka Szkolenia Górskiego – Groupement Aguerrissement en Montagne (GAM). Uczestniczyli także w szkoleniach SERE na poziomie C Specjalist Training w Centrum Szkolenia Amerykańskich sił Powietrznych w bazie Fairchild w Stanach Zjednoczonych.