Rok 1939 i 1940 Fedor von Bock uczestniczył w agresji na Polskę w 1939 i był dowódcą Grupy Armii „Nord” nacierającej na Polskę z Prus Wschodnich i Pomorza Gdańskiego. Dowódca utworzonej 3 października 1939 Grupy Armii „B”, do której włączono 18 Armię. Fedor von Bock dowodził tymi oddziałami podczas agresji Niemiec na Holandię i Belgię, nacierając wzdłuż granicy holenderskiej do Akwizgranu. W wyniku operacji zaczepnych rozpoczętych 10 maja 1940 jego wojska zajęły Holandię oraz współdziałając z Grupą Armii „A” zniszczyły siły aliantów w północnej Belgii. 5 czerwca 1940 jego wojska przełamały obronę francuską nad Sommą i zajęły Paryż, opanowując Półwysep Bretoński.

19 lipca 1940 został mianowany feldmarszałkiem. Po pokoju z Francją, wojska von Bocka obsadziły linię demarkacyjną na południe od Loary i w pasie nadmorskim po Pireneje. Już wiosną 1940 razem z gen. Halderem, Bock zaczął snuć plany zawarcia pokoju z Wielką Brytanią i Francją.

Front wschodni thumb|Fedor von Bock podczas operacji Barbarossa. W 1941 von Bock uczestniczył w agresji na ZSRR;