W 2004 wydawnictwo ZET wydało napisaną przez niego książkę Powołanie i służba.
Kontrowersje thumb|Pomnik Jana Pawła II i księdza Eugeniusza Makulskiego w Licheniu (stan sprzed 12 czerwca 2019) W 2004 w tygodniku „Wprost” zamieszczony został tekst opisujący nieprawidłowości w wydatkowaniu przez Eugeniusza Makulskiego środków pochodzących z darowizn dokonywanych przez wiernych na finansowanie budowy bazyliki w Licheniu oraz o homoseksualnych relacjach łączących Eugeniusza Makulskiego z jego osobistym kierowcą, któremu dodatkowo Makulski miał podarować kilka luksusowych samochodów.
Po publikacji 11 maja 2019 filmu Tylko nie mów nikomu, pod adresem księdza Makulskiego padły oskarżenia o kontakty seksualne z osobami małoletnimi. Zgromadzenie Księży Marianów w wydanym oświadczeniu poinformowało, że zgłoszone przypadki zostały przekazane do Stolicy Apostolskiej i przyczyniły się do wydania przez przełożonych zakonnych decyzji o odsunięciu od wszelkiej działalności duszpasterskiej 91-letniego księdza. W nocy z 13 na 14 maja 2019 zasłonięty został też pomnik przed bazyliką, przedstawiający ks. Makulskiego klęczącego przed Janem Pawłem II. 12 czerwca 2019 pomnik został usunięty. Zastąpiono go miesiąc później pomnikiem Jana Pawła II bez ks. Makulskiego (usunięto figurę ks.