Filozof i sceptyk Stenger jest obecnie głównie znany jako zwolennik filozofii naturalizmu, sceptyk i ateista. Jest krytykiem koncepcji inteligentnego projektu i agresywnego stosowania zasady antropicznej. Twierdzi, że świadomość i wolna wola, zakładając, że faktycznie istnieją, zostaną ostatecznie wyjaśnione w sposób naukowy, który nie ma nic wspólnego z mistycyzmem i zjawiskami nadprzyrodzonymi. Wielokrotnie krytykował tych, którzy powołują się na problemy związane z mechaniką kwantową w celu poparcia zjawisk paranormalnych, mistycyzmu, zjawiska nadprzyrodzonych. Stenger napisał kilka książek i artykułów mających na celu obalić współczesną pseudonaukę.
W 2008 roku wziął udział w „Konferencji Origins” zorganizowanej przez Towarzystwo Sceptyków w Instytucie Technologicznym Kalifornii wraz z Nancey Murphym i Leonardem Susskindem.
W 1992 roku Uri Geller pozwał Stengera i wydawnictwo Prometheus Books o zniesławienie domagając się czterech milionów dolarów za kwestionowanie jego zdolności parapsychicznych. Pozew został oddalony i Geller został zobowiązany do zapłaty kosztów sądowych.
Od 1998 roku Stenger prowadził kolumnę o nazwie „Reality Check” dla „Skeptical Briefs”, kwartalnego biuletynu the Committee for Skeptical Inquiry (CSI).