22 marca 1908 Fan Noli odprawił po raz pierwszy liturgię w języku albańskim w Knights of Honour Hall w Bostonie.
12 września 1922 na synodzie w Beracie albańscy duchowni i świeccy podjęli samowolnie decyzję o proklamowaniu autokefalii Kościoła prawosławnego w Albanii. 21 listopada 1923 został wyświęcony na metropolitę Durrësu i stanął na czele Kościoła. Święty Synod Kościoła ukonstytuował się w 1929, a na jego czele stanął Wissarion (Xhuvani). Decyzje synodu berackiego nie zostały uznane przez Konstantynopol ani przez inne kościoły autokefaliczne. Dopiero w 1937 po kilkunastu latach starań, Patriarcha Ekumeniczny Konstantynopola zgodził się podnieść Kościół prawosławny w Albanii do rangi autokefalicznego. W czasie II wojny światowej włoskie władze okupacyjne wspierały Kościół katolicki kosztem prawosławnego, który znalazł się w głębokim kryzysie finansowym.