Podczas bitwy na łuku kurskim (5 lipca 1943) na pozycje Armii Czerwonej od północy nacierała Grupa Armii Środek pod jego dowództwem. Trzy dni po inwazji brytyjsko-amerykańskiej na Sycylię, Hitler rozkazał von Klugemu przerwać bitwę pod Kurskiem. W ostatniej dekadzie września wycofał on wojska ze Smoleńska w obawie przed okrążeniem. W listopadzie 1943 został usunięty z zajmowanego stanowiska za krytykę decyzji Hitlera. 27 października miał wypadek samochodowy, na skutek którego trafił do szpitala. Oficjalnie podano, że ten fakt był powodem opuszczenia stanowiska dowódcy Grupy Armii Środek. mały|Günther von Kluge z Waltherem Ernstem, burmistrzem Bydgoszczy, 1943 Latem 1944 został mianowany dowódcą Grupy Armii „D”. Od 3 lipca 1944 walczył już na zachodzie. Został mianowany Naczelnym Dowódcą Frontu Zachodniego. Objął to stanowisko po feldmarszałku von Rundstedcie odwołanym 30 czerwca 1944. Tego też dnia odbyło się w La Roche-Guyon pierwsze spotkanie Klugego z Rommlem.
Według danych SD z 1944 Kluge przez całe życie był związany z (surowo zabronionym w III Rzeszy) wolnomularstwem i korzystając z tych kontaktów pertraktował z aliantami.