Życiorys Melchior Grodziecki urodził się w 1581 roku lub w początkach 1582 roku w Cieszynie, najprawdopodobniej w polskiej rodzinie mieszczańskiej Jerzego Grodskiego i jego małżonki, córki Beranka. Uczył się w wiedeńskim kolegium jezuickim. Uczył się tam przede wszystkim języka łacińskiego i literatury rzymskiej, natomiast w mniejszym wymiarze – języka greckiego i innych przedmiotów. Wówczas poznał swego przyszłego towarzysza męczeństwa, Stefana Pongracza. W liście z 1602 roku pisał do rodziców, iż „spotkało go wielkie szczęście”, gdyż został przyjęty do sodalicji mariańskiej, która byłą religijną organizacją międzyklasową przeznaczoną dla najpilniejszych i najbardziej wyrobionych moralnie uczniów. Ukończywszy w 1603 roku kolegium jezuickie w Wiedniu, 22 maja tegoż roku wstąpił do Towarzystwa Jezusowego i rozpoczął nowicjat w Brnie. Nowicjusze byli uczeni całkowitego poświęcenia dla sprawy Kościoła. Dwa lata później, 22 maja 1605 roku, Melchior Grodziecki złożył śluby zakonne ubóstwa, czystości i posłuszeństwa.