Zdaniem niektórych historyków, Stepinac wahał się między prywatnymi protestami a publicznym wspieraniem reżimu Pavelicia, między pochwalaniem jego celów a kwestionowaniem środków. Z jednej strony legitymizował władzę ustaszów, sprawując funkcję ich wikariusza wojskowego, zasiadając w kontrolowanym przez nich parlamencie i uczestnicząc w państwowych ceremoniach, a z drugiej strony próbował osłabić konsekwencje swojego poparcia, chroniąc pewną liczbę osób zagrożonych represjami i namawiając władze, aby łagodniej realizowały swoją politykęHubert Butler, The Sub-Prefect Should Have Held His Tongue, w „Escape from the Anthill”, Lilliput Press, 1986..
26 października 1943 roku Niemcy zabili brata arcybiskupa, Mijo StepinacaUdbi su za Stepinca javljali crkveni ljudi – Večernji.hr.
Kontrowersje wokół stosunku do zbrodni NDH thumb|Alojzy Stepinac i Ante Pavelić, 1941 28 marca 1941 roku wyraził swój pogląd na stosunki serbsko-chorwackie, wyrażając równocześnie żal z powodu podziału chrześcijaństwa na prawosławie i katolicyzm.