Był również zaangażowany bezpośrednio lub pośrednio w ocalenie życia setek Żydów.
Dr Amiel Shomrony, pseudonim „Emil Schwartz”, osobisty sekretarz Miroslava Saloma Freibergera, naczelnego rabina w Zagrzebiu, działający jako pośrednik między naczelnym rabinem i Stepinacem, stwierdził, że Stepinac jest naprawdę błogosławiony, gdyż zrobił najwięcej i najlepiej, jak tylko potrafił dla ratowania Żydów w czasie wojny. Kiedy wiosną 1943 roku Freiberger został aresztowany przez chorwacką policję, tuż po wizycie Heinricha Himmlera, który osobiście przybył do Zagrzebia, niezadowolony z opieszałości reżimu w sprawie rozwiązania kwestii żydowskiej w Chorwacji, arcybiskup Stepinac natychmiast wysłał wniosek o jego uwolnienie do urzędników państwowych, ale bez powodzenia.
Rząd ustaszów próbował naciskać na Stolicę Apostolską, aby usunęła Stepinaca ze stanowiska arcybiskup Zagrzebia, jednak bez skutku. Watykan pomimo nacisków włoskiego rządu nigdy nie uznał też państwa chorwackiego. Pod koniec 1941 roku zaczął krążyć list rzekomo napisany przez Chorwata Prvislava Grisogono do Stepinaca, wplątujący go w makabryczne szczegóły zbrodni przeciw Serbom. Sam Grisogono napisał do Stepinaca, że list jest fałszerstwem i odciął się od jego treści.