Podczas szkolenia każdy z siedmiu astronautów musiał poznać m.in. awaryjny system ratunkowy i aerodynamikę lotu. Slayton specjalizował się w zagadnieniach związanych z rakietą Atlas, która była w stanie wynieść na orbitę kapsułę Mercury. Początkowo w ramach programu planowano, że astronauci odbędą loty balistyczne przy użyciu rakiet Redstone. Lot Slaytona – Mercury 6 (MR 6) miał być czwartym startem w ramach programu i został zaplanowany na jesień 1961.
Po zakończonych sukcesem lotach kosmonautów radzieckich – Jurija Gagarina i Hermana Titowa – zredukowano liczbę startów suborbitalnej rakiety nośnej Redstone do trzech, co stwarzało szansę Slaytonowi, aby został pierwszym Amerykaninem na orbicie okołoziemskiej. Pomyślnie zakończone misje Alana Sheparda oraz Virgila Grissoma sprawiły, że postanowiono, iż w trzecim locie załogowym programu Mercury zostanie użyta rakieta Atlas, co umożliwi wyniesienie kapsuły załogowej na orbitę okołoziemską.