W 1930 roku wzorem ojca rozpoczął pracę w Spółce Akcyjnej Zjednoczone Browary Warszawskie „Haberbusch i Schiele”. Kolejno przechodził przez wszystkie działy firmy. W latach 1936–1944 pełnił w niej obowiązki dyrektora handlowego. W kwietniu 1937 roku zawarł związek małżeński z Marią Wandą Voellnagel, córką jednego ze spadkobierców firmy „Gerlach” w Warszawie. W obliczu zbliżającej się wojny firma „Haberbush i Schiele” ufundowała cztery ciężkie karabiny maszynowe dla I Pułku Szwoleżerów im. Józefa Piłsudskiego. Podczas tych uroczystości, które miały miejsce 17 maja 1939 roku, obecny był Henryk Patzer, natomiast uroczystego przekazania dokonał jego ojciec Jan Patzer. Henryk Patzer, w okresie międzywojennym niezaangażowany politycznie, na początku 1941 roku wstąpił do Stronnictwa Narodowego. W 1943 roku został desygnowany przez Zarząd Okręgu Stołecznego SN na stanowisko zastępcy Delegata Rządu RP na m. st. Warszawę. W Delegaturze Rządu kierował sprawami finansów, wniósł też wkład w przygotowanie projektów ustaw o przejęciu po wojnie mienia poniemieckiego. Na wiosnę 1944 roku objął obowiązki przewodniczącego Wydziału Skarbu w Zarządzie Głównym SN, wchodząc tym samym w skład prezydium ZG SN.