Oficjalnie flaga ta obowiązywała tylko miesiąc: od 4 marca 1865 do kapitulacji w dniu 9 kwietnia 1865 roku.
Sztandary Southern Cross Wskutek powyższych problemów z identyfikacją na polu bitwy, jesienią 1861 roku w sztabie konfederackiej Armii Potomacu (późniejsza Armia Północnej Wirginii), z inicjatywy generała Pierre’a G.T. Beauregarda, opracowano nowy wzór sztandarów wojennych dla oddziałów tej armii: niebieski krzyż świętego Andrzeja z 13 białymi gwiazdami na ramionach, na czerwonym kwadratowym polu. Po raz pierwszy żołnierzom nowe sztandary wręczono 28 listopada 1861 roku. Wzór ten zwany Southern Cross („krzyż południa”) szeroko przyjął się w całej armii Stanów Skonfederowanych (Confederate States Army), jednak nigdy nie stał się jedynym wyłącznym wzorem. Oprócz szeroko używanego wzoru kwadratowego, niektóre jednostki używały także sztandarów prostokątnych, w tym wersji odwróconych o 90°. W dniu 26 maja 1863 roku prostokątna wersja Southern Cross została ustanowiona proporcem marynarki wojennej, lecz z jaśniejszym odcieniem niebieskiego.