W 1717 zawaliła się wieża niszcząc sklepienia zachodnich przęseł świątyni. Odbudowę przeprowadzono w latach 1734–1738, przy czym sklepienia zastąpiono stropami.
W XIX w. funkcje sakralne pełniły tylko 4 przęsła nawy. Pozostała część wykorzystywana była jako koszary i spichlerz.
W latach 1927–1928 przeprowadzono generalny remont budynku przystosowując go do pełnienia funkcji domu ludowego.
W drugiej połowie lat czterdziestych XX w. następowała częsta zmiana sposobu wykorzystania budynku. Mieścił się tu m.in. radziecki szpital polowy, a następnie polski szpital cywilny (1945), Dom Społeczno-Oświatowy (1946), Liceum Pedagogiczne (1946), bursa żeńska Liceum Pedagogicznego (1946-7), Powiatowa Biblioteka Publiczna (1947), sala muzyczna Liceum Pedagogicznego (1947-49).
Od 1955 w budynku miał swoją siedzibę Powiatowy Dom Kultury, przekształcony w 1975 (po gruntownym remoncie w latach 1968–1971) w Myśliborski Ośrodek Kultury.
Zabudowania klasztorne Zabudowania klasztorne powstały w tym samym okresie co kościół (II połowa XIII w.). W dotrwałym do naszych czasów skrzydle zachowały się dwa pomieszczenia przykryte sklepieniem kryształowym oraz palmowym (wspartym na jednym filarze). Przypuszcza się, że w pomieszczeniach tych mógł znajdować się refektarz lub kuchnia. Piętro przeznaczone było na cele (pokoje) dla zakonników.