Historia Seminarium Zgromadzenia Ducha Świętego w Bydgoszczy powstało w 1976 r. z inicjatywy ówczesnego przełożonego ojca Józefa Kolaśnego CSSp. Prymas Polski kard. Stefan Wyszyński ustanowił i ze względu na sytuację polityczną w PRL ustnie zaaprobował powstanie nowego seminarium, tzw. Studia Domestica na terenie archidiecezji gnieźnieńskiej w Bydgoszczy, w obrębie domu prowincjonalnego duchaczy. Duchackie seminarium duchowne było pierwszą szkołą tego typu na terenie Bydgoszczy. 1 września 1975 nowicjat rozpoczęło 11 kandydatów do stanu kapłańskiego i zakonnego, a 26 września 1976 roku ośmiu przyszłych seminarzystów złożyło swoje pierwsze śluby zakonne.
W październiku 1976 roku w nowo otwartym seminarium rozpoczęto studia filozoficzne. Pierwszym rektorem seminarium został mianowany o. mgr Tadeusz Michalski CSSp, prefektem o. Zygmunt Kosielski CSSp, a ojcem duchownym o. Stanisław Foryś CSSp. W latach 80. XX w. w seminarium studiowało ok. 40 kleryków, a do grona profesorskiego należeli ojcowie duchacze z Bydgoszczy oraz kapłani z różnych diecezji: Gniezna, Poznania, Pelplina, Włocławka i Gdańska, w tym późniejsi biskupi (Edmund Piszcz, Marian Gołębiewski, Bogdan Wojtuś, Zbigniew Kiernikowski, Wojciech Polak). Od 2000 r. seminarium jest filią Wydziału Teologicznego Uniwersytetu im.