W 1948 dekret prezydenta Bolesława Bieruta cofnął mu zgodę władz państwowych na pełnienie urzędu, natomiast większość autokefalicznych Kościołów prawosławnych nadal uznawała go za legalnego zwierzchnika PAKP. 80px|center Tymoteusz (Szretter) 17 września 1947 7 sierpnia 1951 Locum tenens metropolii warszawskiej. 80px|center Makary (Oksijuk)7 sierpnia 1951 9 grudnia 1959 Delegowany do pracy duszpasterskiej w Polskim Autokefalicznym Kościele Prawosławnym przez Rosyjski Kościół Prawosławny. Odszedł z urzędu z powodu złego stanu zdrowia i pod naciskiem polskich władz.centruj|bezramki|95x95px Tymoteusz (Szretter) 9 grudnia 1959 5 maja 1961 Locum tenens metropolii warszawskiej. 5 maja 1961 20 maja 1962 Elekcji na metropolitę warszawskiego zarzucano złamanie prawa kanonicznego, ponieważ wyboru dokonał Sobór Biskupów Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, a nie Sobór Elekcyjny. 80px|center Jerzy (Korenistow) 24 maja 1962 25 maja 1965Locum tenens metropolii warszawskiej. 80px|center Stefan (Rudyk) 25 maja 1965 26 marca 1969 Elekcji metropolity warszawskiego dokonano po trzech latach od śmierci poprzedniego metropolity – Tymoteusza.