Problemy z uzyskaniem przez ekipę trzycylindrowego konkurencyjnego silnika, doprowadziły jednak do zerwania kontraktu za obopólną zgodą, co 7 czerwca potwierdził Australijczyk.
WSBK W sezonie 2004 McCoy przeniósł się do mistrzostw World Superbike. Australijczyk podpisał kontrakt z ekipą NCR Ducati. Debiut w serii był udany dla Gerry’ego, który w większości wyścigów meldował się w czołowej ósemce. W trakcie zmagań trzykrotnie znalazł się na podium, osiągając przy tym jedno zwycięstwo, na australijskim torze Phillip Island (uzyskał tam również najszybsze okrążenie). Zmagania zakończył na 6. pozycji, dorobkiem niecałych dwustu punktów.
W kolejnym roku startów reprezentował ekipę Carla Fogarty – Foggy Petronas Racing. Sezon okazał się jednak kompletnie nieudany dla Australijczyka, który nie ukończył większości wyścigów, zaledwie cztery razy zdobywając punkty (najlepiej spisał się podczas pierwszego wyścigu w Niemczech, w którym zajął jedenastą lokatę). Ostatecznie rywalizację zakończył przedwcześnie, opuszczając rundę na torze Magny-Cours. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na 22. miejscu. Po tym sezonie McCoy zakończył starty w mistrzostwach, rozpoczynając karierę w Supercrossie.