Rok 2002 był dużo mniej udany dla japońskiego motocyklisty, który uzyskał dwukrotnie mniejszą liczba punktów. Ostatnie trzy wyścigi zaliczył na nowej konstrukcji Yamahy - YZR-M1. W trakcie sezonu najlepszą uzyskaną pozycją przez Nakano okazała się piąta lokata podczas GP Niemiec. W klasyfikacji generalnej zajął 11. miejsce.
W roku 2003 Japończyk przeniósł się do ekipy d'Antin Yamaha. Nakano tylko w jednym wyścigu nie dojechał do mety (w kończącym sezon GP Walencji), a najlepszą zajętą przez niego lokatą ponownie było piąte miejsce. Tym razem najwyższej sklasyfikowany został podczas GP Włoch i Katalonii. Uzyskane punkty uplasowały go na 10. pozycji.
W latach 2004-2006 Nakano współpracował z fabryczną ekipą Kawasaki. Poprawne wyniki były jednak dalekie od oczekiwań zarówno zespołu, jak i samego zawodnika. Nakano wielokokrotnie plasował się w czołowej ósemce, a podczas zmagań na torze w Japonii i Holandii zajął odpowiednio drugie i trzecie miejsce. W klasyfikacji generalnej dwukrotnie znalazł się na 10. miejscu, natomiast w ostatnim sezonie był czternasty.