Zawodnik z niedoleczonymi urazami startował przez trzy kolejne rundy. Ból obojczyka oraz szyi uniemożliwił mu udział w drugim wyścigu na torze w Niemczech oraz ostatecznie wykluczył go z całego sezonu. Uzyskane punkty uplasowały go na 14. pozycji.
28 października 2009 roku Shin’ya Nakano na oficjalnej konferencji ogłosił zakończenie kariery, na skutek kontuzji, które uniemożliwiają mu kontynuowanie startów w wyścigach.
Statystyki liczbowe Rok Klasa Zespół Motocykl 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Punkty Pozycja Zwycięstwa 1998 250 cm³ Yamaha YZR250 JPN 2 MAL ESP ITA FRA MAD NED GBR GER CZE IMO CAT AUS 4 ARG 33 19 0 1999 250 cm³ Tech 3 Yamaha YZR250 MAL 3 JPN 1 ESP Ret FRA 2 ITA 5 CAT 4 NED 5 GBR 3 GER 4 CZE 4 IMO 5 VAL 4 AUS 4 RSA 2 BRA 15 ARG 5 207 4 1 2000 250 cm³ Tech 3 Yamaha YZR250 RSA 1 MAL 1 JPN 3 ESP 15 FRA 2 ITA 1 CAT 3 NED 3 GBR 7 GER 3 CZE 1 POR Ret VAL 1 BRA 4 PAC 2 AUS 2 272 2 5 2001 500 cm³ Tech 3 Yamaha Yamaha YZR500 JPN 5 RSA 4 ESP 4 FRA 11 ITA 8 CAT 4 NED 5 GBR 6 GER 3 CZE DNS POR 9 VAL 7 PAC 6 AUS 7 MAL 4 BRA 9 155 5 02002MotoGPTech 3 Yamaha Yamaha YZR500 JPN Ret RSA 8 ESP 17 FRA 13 ITA 11 CAT Ret NED 8 GBR 10 GER 5 CZE Ret POR 12 BRA Ret PAC 1668110 Yamaha YZR-M1 MAL 6 AUS 13 VAL 6 2003 MotoGP d'Antin Yamaha Yamaha YZR-M1 JPN 9 RSA 11 ESP 8 FRA 14 ITA 5 CAT 5 NED 13 GBR 9 GER 7 CZE 14 POR 12