Europejskiej (GB UE) i innych komponentów wojskowych, organizuje egzaminy na klasę kwalifikacyjną podoficerów i szeregowych zawodowych korpusu osobowego medycznego, szkolenie wojskowo-medyczne żołnierzy w ramach służby przygotowawczej.
W strukturze organizacyjnej Centrum wyodrębniono Wydział Dydaktyczny, który realizuje szkolenie słuchaczy poszczególnych kursów oraz szkolenie żołnierzy i pracowników wojska Centrum. Planowanie i organizację procesu dydaktycznego Centrum koordynuje Inspektor Rodzajów Wojsk DG RSZ. Zajęcia dydaktyczne realizowane są na podstawie programu szkolenia danego kursu. Kandydatów na poszczególne kursy (żołnierzy zawodowych) kwalifikuje Szef Zarządu Wojskowej Służby Zdrowia Inspektoratu Rodzajów Wojsk DG RSZ zgodnie z limitem, terminem i czasem określonym w "Harmonogramie doskonalenia zawodowego realizowanym w Wojskowym Centrum Kształcenia Medycznego..." w danym roku kalendarzowym.
Ważnym obszarem bieżącej działalności służbowej WCKMed.