Latem 1998 Bogdanović odszedł z Atlético do Werderu Brema. W Bundeslidze niemieckiej swój debiut zanotował 19 września 1998 w wygranym 4:2 wyjazdowym meczu z VfL Wolfsburg. W 1999 roku zdobył z Werderem Puchar Niemiec.
W 2002 roku Bogdanović przeszedł z Werderu do Arminii Bielefeld, w której zadebiutował 11 sierpnia 2002 w meczu z Werderem (3:0). W Arminii grał przez rok, ale nie strzelił w niej gola. W 2003 roku podpisał kontrakt z Al-Wahda FC ze Zjednoczonych Emiratów Arabskich. Grał w nim rok, a następnie zakończył swoją karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1987/88 FK Željezničar Prva liga 13 2 1988/89 FK Željezničar Prva liga 20 1 1989/90 FK Željezničar Prva liga 10 1 1990/91 FK Željezničar Prva liga 19 0 1991/92 FK Željezničar Prva liga 18 0 1992 Pohang Atoms K-League 17 3 1993 Pohang Atoms K-League 27 9 1994 Pohang Atoms K-League 33 22 1995 Pohang Atoms K-League 31 8 1996 Pohang Atoms K-League 39 13 1997 JEF United Ichihara J-League 16 8 1997/98 Atlético Madryt Primera División 14 6 1997/98 NAC Breda Eredivisie 13 6 1998/99 Werder Brema Bundesliga 23 8 1999/00 Werder Brema Bundesliga 22 4 2000/01 Werder Brema Bundesliga 11 3 2001/02 Werder Brema Bundesliga 0 0 2002/03 Arminia Bielefeld Bundesliga 19 0 2003/04 Al-Wahda FC UAE League ?