W styczniu 1991 roku jako dowódca grupy jednostek oddelegowany do Wilna w celu zdobycia wieży telewizyjnej. Po tych zdarzeniach został oficjalnie ogłoszony przez rząd niepodległej Litwy „wrogiem narodu litewskiego”. Jesienią 2010 roku władze Litwy wydały europejski nakaz aresztowania Gołowatowa.
Od 23 sierpnia 1991 do 4 lipca 1992 roku dowodził grupą A.
Po opuszczeniu armii zaangażowany w działalność prywatnych firm ochroniarskich, założył kilka z nich. W latach 1997–2002 był wiceprzewodniczącym Rady Doradczej FSB. 15 kwietnia 2004 roku został wybrany na prezydenta Federacji Łyżwiarstwa Szybkiego w Moskwie. Członek prezydium Rosyjskiej Federacji Narciarstwa Biegowego. Działacz organizacji kombatanckiej zrzeszającej dawnych żołnierzy jednostki antyterrorystycznej.