W GP USA i San Marino został sklasyfikowany na drugim miejscu. W klasyfikacji generalnej znalazł się na 6. pozycji. Ponownie przegrał jednak z Amerykaninem Hopkinsem, który był czwarty.
Rok 2008 był mniej udany dla Australijczyka. W ciągu sezonu dwukrotnie znalazł się na trzeciej pozycji, w zmaganiach o GP Niemiec i USA. Za sukces Chris mógł jednak uznać wyższą ósmą pozycję w punktacji od nowego doświadczonego kolegi z zespołu Lorisa Capirossiego, który był dziesiąty.
W sezonie 2009 był najsłabszym w wykonaniu Vermeulena. W trakcie rywalizacji rzadko plasował się w pierwszej ósemce, a najlepszą lokatę uzyskał w GP Holandii, gdzie był piąty. W większości wyścigach spisywał się gorzej od Włocha Capirossiego. We wszystkich wyścigach dojechał do mety, a w klasyfikacji końcowej zajął 8. pozycję. Po zakończeniu zmagań Australijczyk odszedł z zespołu, kończąc tym samym starty w MotoGP. Jego miejsce zajął Hiszpan Alvaro Bautista.