Do godziny 17:00 na samym tylko pl. Magistrackim znalazło się blisko 10 tys. osób. Niemcy zwolnili wówczas część kobiet i dzieci, a mężczyzn zaczęli spędzać do cel więzienia na Zawodziu oraz do kościoła pw. św. Zygmunta. Szybko uległy one przepełnieniu dlatego zatrzymanych zaczęto umieszczać także w gmachu katedry. Niemieccy żołnierze i oficerowie raz po raz wpadali do obu kościołów, strzelając na postrach nad głowami zakładników i grożąc natychmiastową egzekucją w razie jakiegokolwiek „nieposłuszeństwa”. Wewnątrz katedry Niemcy ostrzelali tłum z broni krótkiej, zabijając lub raniąc kolejne ofiary. Obie świątynie uległy profanacji, gdyż trzymana tam przez cały dzień i noc ludność musiała załatwiać potrzeby naturalne wewnątrz kościołów.
Po zakończeniu akcji represyjnej Niemcy zatrzymali w charakterze zakładników 80 szanowanych obywateli Częstochowy (urzędników, przedstawicieli wolnych zawodów, nauczycieli, przedsiębiorców – w większości pochodzenia żydowskiego). Przez kilka tygodni byli oni przetrzymywani w prymitywnych warunkach na terenie koszar Zawady.