W maju 1985 Stevensona zastąpił Anthony Martinez, ale jeszcze ze Stevensonem zespół nagrał dwie studyjne płyty: Loose Nut i In My Head. Obie ukazały się w 1985. W styczniu 1986 z zespołu wyrzucono Kirę Roessler. Brak Roessler i Stevensona (zastąpili ich C'el Revuelta i Martinez) odbił się mocno na jakości koncertów, które wypadały słabo.
Black Flag zagrał swój ostatni koncert 27 czerwca 1986 roku w Detroit. Ginn miał już dosyć zespołu, który przynosił same straty, obaj z Rollinsem żyli na granicy ubóstwa. Jak to opisuje w swoich wspomnieniach Rollins: Ginn po prostu zadzwonił do niego i powiedział, że odchodzi.
Po rozpadzie Black Flag Rollins zajął się swoją karierą solową. Ginn udzielał się w zespołach: Gone, October Faction i Radio Screw.
We wrześniu 2003 Black Flag zagrał trzy koncerty: dwa w Hollywood Palladium i jeden w Bar Alex w Long Beach. Zespół wystąpił w składzie Dez Cadena – wokal, Greg Ginn – gitara, ROBO – perkusja i C'el Revuelta – bas. Na tych koncertach towarzyszył im słynny skater Mike Vallely, który śpiewał piosenki z płyty My War.
W 2005 roku piosenka Black Flag Rise Above została użyta w grze wideo Tony Hawk’s American Wasteland.