W 1865 roku po raz pierwszy na scenie teatru wystąpiła Helena Modrzejewska, jego obecna patronka. W latach 1866–1885 teatrem kierował Stanisław Koźmian, publicysta polityczny i literat, związany ze środowiskiem krakowskich konserwatystów, współautor Teki Stańczyka, uczestnik powstania styczniowego, twórca tzw. „szkoły krakowskiej”, w ramach której szczególną uwagę zwracano na jakość gry aktorskiej i gruntowne przygotowanie inscenizacji. Koźmian wielką wagę przywiązywał do repertuaru, w którym znalazły się dzieła polskiego, jak i europejskiego dramatu klasycznego oraz współczesnego.
Na przełomie XIX i XX wieku teatr praktycznie przestał funkcjonować. W 1893 krakowski teatr miejski przeniesiono do nowego budynku przy placu Świętego Ducha, gdzie od 1909 funkcjonuje jako Teatr im. Juliusza Słowackiego. Na scenie przy placu Szczepańskim wystawiano jedynie przedstawienia okolicznościowe. W latach 1903–1906 budynek ten został gruntownie przebudowany w stylu secesji, z rozbudową pomieszczeń na sale taneczne, koncertowe, restauracyjne i handlowe. Na przełomie lat 20. i 30. XX mieściła się w nim Miejska Szkoła Dramatyczna.