W latach 1997–1998 teatrem kierowało aż trzech dyrektorów: Krystyna Meissner, następnie Jerzy Bińczycki, a po jego nagłej śmierci krytyk teatralny Jerzy Koenig. W tym czasie wystawiona została Iwona, księżniczka Burgunda Witolda Gombrowicza w reżyserii Grzegorza Jarzyny (pod pseudonimem Horst Leszczuk).

W 1997 Jerzy Trela wręczył Janowi Pawłowi II, podczas jego pielgrzymki do ojczyzny, książkę Dariusza Domańskiego pt. Taki nam się snuje dramat... Stary Teatr 1945–1995 album wspomnień.

W lutym 2001 zmieniono nazwę teatru na Narodowy Stary Teatr im. Heleny Modrzejewskiej.

Od 2002 dyrektorem artystycznym, a w 2003 dyrektorem naczelnym jest profesor krakowskiej PWST, aktor i reżyser Mikołaj Grabowski, pełniący wcześniej funkcję dyrektora łódzkiego Teatru Nowego. W tym samym roku odbyła się premiera Mistrza i Małgorzaty Michaiła Bułhakowa w reżyserii Krystiana Lupy.

Od 2009 do 2019 roku jako jedyny polski teatr należał do Europejskiej Sieci Teatrów Mitos21, która skupia najważniejsze sceny teatralne w Europie.

30 maja 2023 miała miejsce premiera filmu dokumentalnego o teatrze zatytułowanego Stary, wyreżyserowanego przez Magdę Hueckel i Tomasza Śliwińskiego.