Przeprowadził remont katedry płockiej.
Szczególnie przyczynił się do rozwoju miasta Pułtuska. W 1557 uzyskał od króla Zygmunta Augusta potwierdzenie przywilejów nadanych przez jego ojca w 1533. Uczestniczył w synodzie w Warszawie w 1561 rokuWojciech Góralski, Synod prowincjonalny warszawski z 1561, w: Prawo Kanoniczne : kwartalnik prawno-historyczny 28/3-4, 1985, s. 208.. W 1565 sprowadził z Braniewa do miasta jezuitów, którzy rok później utworzyli tam swoje drugie w Rzeczypospolitej i wkrótce bardzo znane kolegium. Rozbudowany został zamek biskupi.
Od początku jego rządów Jan Baptysta Wenecjanin prowadził rozbudowę według kanonów renesansu kolegiaty pułtuskiej. Świątynia otrzymała kolebkowe sklepienie, pokryte dekoracją kasetonową oraz kaplicę wzorowaną na kaplicy Zygmuntowskiej na Wawelu. Biskup zamówił także kosztem 216 florenów namalowanie w niej ogromnych polichromii, które podjął się wykonać mistrz Wojciech z Warszawy. Wkrótce jednak musieli mu pomóc dodatkowo Stanisław z Łomży i Stanisław z Liwu. Po pożarze w XVII wieku pokryto ją tynkiem i zamalowano. Ponownie odkryto polichromie przy okazji remontu w 1994.