3 kwietnia 1922, w czasie akcji konfiskaty majątku ruchomego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w kaplicy patriarszej pojawili się członkowie komisji ds. konfiskat. Z powodu ich prowokacyjnego zachowania hieromnich Makary nazwał ich grabieżcami; został z tego powodu aresztowany. Duchowny był następnie jednym z oskarżonych w procesie pięćdziesięciu czterech – pokazowym procesie, jaki odbył się w Moskwie na przełomie maja i czerwca 1922. Oskarżonymi byli duchowny i świeccy, którzy w czasie akcji konfiskaty kosztowności cerkiewnej czynnie się jej sprzeciwiali. W czasie śledztwa poprzedzającego proces hieromnich Makary nie przyznawał się do winy. Odpowiadając przed sądem potwierdził fakt określenia członków komisji jako grabieżców, gdyż jak stwierdził, jako duchowny cierpi, widząc wynoszenie utensyliów liturgicznych ze świątyń. Stwierdził również, iż jest z przekonania monarchistą.
Hieromnich Makary był jednym z 11 oskarżonych, którzy zostali skazani na karę śmierci, a następnie jednym z pięciu, w wypadku których Politbiuro partii bolszewickiej nie wystąpiło o złagodzenie wyroku.