W 2010 roku gwałtowne wyładowanie elektromagnetyczne pochodzące z wyspy Katorga-12 zniszczyło amerykańskiego satelitę szpiegowskiego. Z tego powodu na wyspę został wysłany oddział zwiadowczy mający zbadać ten teren, jednak drugie wyładowanie niszczy helikopter, którym podróżowali żołnierze. Kapitan Nathaniel Renko, członek oddziału, dostaje się do opuszczonego kompleksu badawczego, który poznaje podróżując w czasie w latach 1955–2010.
Renko przenosi się do roku 1955, kiedy w zakładach trwa pożar. Ratuje on doktora Nikołaja Demicheva (w innym wypadku zginąłby on w płomieniach). Kiedy to następuje, nieznany mężczyzna przed śmiercią krzyczy do Renki: "Renko, stój! Nie pozwól Demichevowi przeżyć!" ("Renko, stop! Don't let Demichev live!"). Renko wraca do 2010 roku i odkrywa, jak bardzo wyspa się zmieniła. Spotyka dziwne i okrutne kreatury zwane Zeks – są to zmutowani ludzie, którzy kiedyś mieszkali na wyspie przed eksplozją Singularity. Rence udaje się znaleźć Devlina – kolejnego ocalałego z helikoptera. Obydwaj zostają pojmani przez rosyjskich żołnierzy pod dowództwem Demicheva. Devlin żąda od niego azylu w amerykańskiej ambasadzie, za co Demichev go zabija.