W Kościołach mariawickich wspomnienie św. Tomasza Apostoła obchodzone jest 21 grudnia.
W Kościele anglikańskim obchody przypadają 3 lipca lub 21 grudnia razem z luterańskim Kościołem.
Cerkiew prawosławna wspomina apostoła Tomasza przede wszystkim w 1. niedzielę po święcie Zmartwychwstania Pańskiego, oraz: 6/19 października, tj. 19 października według kalendarza gregoriańskiego, 20 czerwca/3 lipca, tj. 3 lipca (przeniesienie relikwii), 30 czerwca/13 lipca, tj. 13 lipca (Sobór dwunastu apostołów).
Kościoły Wschodu, z uwagi na liturgię według kalendarza juliańskiego, wspominają św. Tomasza: Kościół ormiański: 3/16 lipca, tj. 16 lipca, również Kościół syryjski, 22 sierpnia/4 września, tj. 4 września, 6/19 października, tj. 19 października (odkrycie szczątków), Kościół koptyjski – 21 maja według obowiązującego kalendarza gregoriańskiego.
Patronat Święty Tomasz uważany jest za patrona Indii i Portugalii, architektów, budowniczych, cieśli, geodetów, kamieniarzy, murarzy, stolarzy, małżeństw i teologów.
Jest adresatem modlitw wiernych w chwilach zwątpień.