Zostaje on zatrudniony przez tajemniczych pracodawców, zaniepokojonych lokalizacją Columbii, którzy zlecają mu infiltrację miasta i odnalezienie młodej kobiety – Elizabeth – która jest przetrzymywana w mieście przez ostatnie 12 lat. Znalezienie dziewczyny nie sprawiło Bookerowi wielkich trudności, jednak okazuje się, że każda ze stron stara się ją wykorzystać tak, by odwrócić losy wojny na swoją korzyść. Booker i Elizabeth, by uciec z miasta, muszą sobie nawzajem zaufać. Poza tym Elizabeth dąży do poznania mocy, jakie posiada, wierząc Comstockowi, że jest za nie odpowiedzialna. W tym celu odmawia opuszczenia miasta zanim nie pozna prawdy. Co gorsza, para jest ścigana przez Songbirda – potężnego robota, przypominającego z wyglądu ptaka, który był przyjacielem Elizabeth i opiekował się nią, kiedy była uwięziona. Maszyna została tak zaprojektowana, by czuć się winną temu, że Elizabeth udało się uciec. Hilary Goldstein z serwisu IGN porównuje go do "obrażalskiego męża", natomiast Elizabeth uważa, że wolałaby zginąć, niż być ponownie przez niego złapana.