W tym samym dniu otrzymał godność arcybiskupią.
29 stycznia 1957 został wybrany na patriarchę Jerozolimy po śmierci Tymoteusza i 1 marca tego samego roku intronizowany.
Benedykt I przyczynił się do wydania w 1958 przez króla Jordanii Husajna I rezolucji zobowiązującej rząd Jordanii do obrony Patriarchatu JerozolimskiegoPatriarchat Jerozolimski. „Kalendarz Prawosławny”. 2003, s. 179. Warszawa: Warszawska Metropolia Prawosławna. .. W czasie sprawowania urzędu patriarchy działał na rzecz ochrony i zagospodarowania świątyń chrześcijańskich w Palestynie, organizacji instytucji społecznych i edukacyjnych. Jako jedyny z patriarchów jerozolimskich rezydował w pałacyku na Górze Oliwnej, nie zaś w tradycyjnej rezydencji. Tam też organizował posiedzenia Świętego Synoduarchidiakon Aleksander, Patriarchat Ziemi Świętej, „Przegląd Prawosławny”, nr 6 (300), czerwiec 2010.
Po wojnie sześciodniowej w 1967 patriarcha zmienił trzynaście z siedemnastu prawosławnych klasztorów w Jerozolimie na domy czynszowe dla Palestyńczyków, których domy zostały zniszczone. Przekazał budynek seminarium duchownego na palestyńskie liceum, zaś w skrzydle rezydencji patriarchów urządził ośrodek medyczny.