Na początku 2008 został przeniesiony do rezerwy kadrowej MON przez ministra Bogdana Klicha – do czasu wyjaśnienia okoliczności związanych z prowadzonym przez prokuraturę wojskową śledztwem dotyczącym incydentu w Nangar Khel. W kwietniu 2008 Tomaszycki został przywrócony do czynnej służby, zostając Szefem Zarządu Szkolenia P–7 Sztabu Generalnego WP, na które wyznaczył go poprzedni minister Aleksander Szczygło. 9 lipca 2009 został dowódcą 12 Dywizji Zmechanizowanej w SzczecinieGłos Szczeciński: Generał Tomaszycki nowym dowódcą 12 Dywizji Zmechanizowanej. W 2011 został wyznaczony na stanowisko szefa szkolenia Wojsk Lądowych. Postanowieniem z 23 kwietnia 2013 Prezydent RP Bronisław Komorowski wyznaczył go z dniem 20 maja 2013 na stanowisko Dowódcy Operacyjnego Sił Zbrojnych. 1 sierpnia 2013 został awansowany do stopnia generała broni.
17 grudnia 2013 w Belwederze Prezydent RP Bronisław Komorowski wręczył mu akt zwolnienia ze stanowiska Dowódcy Operacyjnego Sił Zbrojnych i jednocześnie akt mianowania z dniem 1 stycznia 2014 na stanowisko Dowódcy Operacyjnego Rodzajów Sił Zbrojnych.