Z dniem 1 stycznia 1950 roku Wydział włączono do struktur nowo powstałej Akademii Lekarskiej, wkrótce przemianowanej na Akademie Medyczną.
Od roku akademickiego 1954/1955 obowiązywał pięcioletni program studiów zakończonych pracą magisterską, a w 1979 r. przy Wydziale Farmaceutycznym utworzono Oddział Analityki Medycznej, z odrębnym pięcioletnim programem nauczania. Jego organizatorem był prof. biochemii Józef Chmiel.
Od roku akademickiego 1998/1999 kształcenie oparto na Europejskim Systemie Punktów Kredytowych (ECTS), pozwalającym na uznawanie okresu studiów odbywanych w innych uczelniach w kraju lub zagranicą. W roku akademickim 2004/2005 rozpoczęto kształcenie studentów farmacji w języku angielskim. W 2005 r. Wydział uzyskał siedziby dla trzech katedr w Coll. Kopernickiego (obecnie Coll. Chmiela) przy ul. Święcickiego.
Od 2023 roku Wydział dysponuje swoimi budynkami. Collegium Pharmaceuticum mieści się przy ul. Rokietnickiej.