Rozstrzelany tego samego dnia w miejscu egzekucji Kommunarka pod Moskwą, pochowany anonimowo.
14 marca 1956 zrehabilitowany przez Kolegium Wojskowe SN ZSRR, a osiem dni później (22 marca), przez Komisję Kontrolną Partii (KPK) KC KPZR przywrócony pośmiertnie w szeregi partii.
Występował pod partyjnymi pseudonimami: „Chemik” i „Jakow” oraz literackimi: A. Głostow, S. Jagłow, A.B. i in.
Prace Osnownyje momienty w razwitii komunisticzeskoj partii w Rossii (1921) Osnownyje woprosy istorii RKP (1924) WKP (monografia) (1926) Autobiografia (1927) O Krasnoj Armii (1958) Stati i rieczi o narodnom obrazowanii (1959)
Upamiętnienie mały|Dom-muzeum Bubnowów w Iwanowie Dom w Iwanowie, w którym żył Bubnow w dzieciństwie został zamieniony na muzeum, w latach 1978-2002 poświęcone wyłącznie postaci rewolucjonisty, od 2002 r. funkcjonujące jako dom-muzeum rodziny Bubnowów. Popiersie Bubnowa jest częścią kompleksu pomnikowego rewolucjonistów nad Tałką w Iwanowie, w tym samym mieście znajduje się ponadto jeszcze samodzielny pomnik rewolucjonisty.