W związku z tym dowództwo Sił Obronnych Izraela zostało poinformowane o statku „Altalena” i harmonogramie jego żeglugi. Na pokładzie statku miało się znajdować 940 bojowników Irgunu oraz duży ładunek broni i amunicji. Przedstawiciele Irgunu we Francji obawiali się możliwości sabotażu na pełnym morzu i z tego powodu nie poinformowali Izrael o wypłynięciu statku w dniu 11 czerwca. Wysiłki te okazały się jednak bezowocne, ponieważ już następnego dnia Radio Londyn poinformowało, że „Altalena” wypłynęła z Port-de-Bouc i płynie do Izraela wioząc na pokładzie tysiąc żydowskich ochotników z dużą ilością broni.
Płynący statkiem ochotnicy Irgunu dopiero na pełnym morzu dowiedzieli się z Radia Londyn o ogłoszeniu 11 czerwca w Palestynie pierwszego rozejmu. Rozejm obejmował zakaz sprowadzania do kraju sprzętu wojskowego i żołnierzy, dlatego przywódcy Irgunu wysłali do statku „Altalena” rozkaz, by wydłużył podróż i pozostał na morzu do czasu otrzymania kolejnych rozkazów. W dniu 15 czerwca Menachem Begin spotkał się z przedstawicielami izraelskiego rządu, których poinformował, że statek wypłynął z Francji bez jego wiedzy i chce w tej sprawie prowadzić rozmowy. Dawid Ben Gurion napisał następnego dnia w swoim pamiętniku: „Israel [Galili] i Skolnik [Eszkol] spotkali się wczoraj z Beginem.