Gdy we wrześniu 1939 roku w Europie wybuchła wojna, US Navy powołała tzw. Patrole Neutralności na Atlantyku. W ich ramach „Quincy”, wraz z „Vincennes”, od września do grudnia pełniły służbę u wschodniego wybrzeża i w basenie Morza Karaibskiego. Po krótkim dokowaniu w Norfolk i pod nowym dowódcą, komandorem Williamsem C. Wickhamem, krążownik odbył próby i szkolenia, po czym w maju przeszedł do bazy Guantanamo na Kubie. 1 czerwca wypłynął w swój kolejny rejs do Ameryki Południowej. Odwiedził Rio de Janeiro i Montevideo, gdzie dołączyła doń „Wichita”. Następnie obydwa okręty zawijały do Rio Grande do Sul, Rio de Janeiro, Bahii, Santos i Pernambuco w Brazylii, ponownie do Montevideo, Buenos Aires i jeszcze raz do Rio de Janeiro. Pod koniec września 1940 roku powróciły na wody amerykańskie. Po krótkim pobycie w stoczni „Quincy” wziął udział w szeregu ćwiczeń i manewrów na Morzu Karaibskim.