W XVI wieku, wraz z przesiedleniem szlachty z Kremla, Kitaj-gorod zaczął nabierać coraz bardziej cech dzielnicy arystokratycznej. Kupcy przenieśli się na Zamoskworieczje, a rzemieślnicy do zalanych wodą i przez to nieatrakcyjnych dla szlachty obszarów Zariadja. Iwan Groźny eksmitował bojarów i szlachtę z Kitaj-gorodu i kazał tam osiedlić się kupcom, ale po jego śmierci najwyraźniej kupcy zostali ponownie wyparci przez bojarów i szlachtę, do których pod koniec XVII wieku dołączyli urzędnicy z przeniesieni tutaj z Kremla.
Podczas wojny polsko-rosyjskiej 1609–1618 (tzw. wojny moskiewskiej) po zwycięstwie w bitwie pod Kłuszynem, w 1610 roku dzielnica została obsadzona przez polskich żołnierzy z pułku Aleksandra Zborowskiego. Jesienią 1612 roku polski garnizon Kitaj-gorodu skapitulował przed prowadzącymi oblężenie wojskami moskiewskimi.