Po widzialnym przeniesieniu wszystkich wyznawców na ziemię rozpocznie się okres panowania religijnego Jezusa Chrystusa na świecie. Pod koniec tysiącletnich rządów Jezus Chrystus ma stoczyć walkę z szatanem. Zwycięstwo Mesjasza spowoduje unicestwienie na zawsze złego ducha i przebudzonych niewiernych, a wierni otrzymają nieśmiertelność i życie wieczne w niebie.
Godności kościelne w Kościele Nowoapostolskim sprawować mogą wyłącznie mężczyźni. Istnieje rozbudowana hierarchia złożona z: biskupów, starszych, pasterzy, ewangelistów, kapłanów, diakonów i poddiakonów. Najważniejszą rolę spełnia jednak instytucja apostołów. Z punktu widzenia wyznania Kościół związany jest z urzędem apostolskim, a apostołowie są niezbędni, aby przygotować wierzących na oczekiwane powtórne przyjście Jezusa Chrystusa. Doktryna nowoapostolska uznaje, że Jezus Chrystus dał apostołom polecenie i moc do udzielania Ducha Świętego, chrztu wodnego, odpuszczania grzechów i obchodzenia wieczerzy świętej. Ponadto Głównemu Apostołowi, który sprawuje funkcje przewodniczącego kolegium apostołów i głównego duchowego autorytetu wyznania daje władzę do przepowiadania nowych objawień Ducha Świętego.