Od XVI w. majątek był w posiadaniu rodziny Pabianowskich. Od XVII w. majątek zmienił właścicieli. Najpierw przeszedł w ręce Oborskich, następnie Twardowskich i Złotnickich. W 1802 Lutynię kupił Józef Otulski, w którego rękach była do końca XIX w. Kolejni właściciele to Mukułowscy, którzy sprzedali Lutynię po 20 latach od zakupu rodzinie Skoroszewskich.
W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) miejscowość należała do wsi większych w ówczesnym pruskim powiecie Krotoszyn w rejencji poznańskiej. Lutynia należała do okręgu koźmińskiego tego powiatu i stanowiła odrębny majątek, którego właścicielem była wówczas Józefina Bogdańska. Według spisu urzędowego z 1837 roku wieś liczyła 210 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 19 dymów (domostw).
Przy drodze do wsi znajdował się przystanek rozebranego odcinka Krotoszyn - Pleszew Krotoszyńskiej Kolei Dojazdowej. Ostatni pociąg zakończył bieg 12 stycznia 1986. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie kaliskim.
W Lutyni znajduje się kościół z początku XIX wieku.