Wzmiankowane czyny dotyczyły okresu sprawowania Postępowanie dotyczyło niedopełnienia obowiązków „w zakresie przestrzegania przepisów ustawy prawo zamówień publicznych i ustawy o ochronie informacji niejawnych w związku z realizowanymi przez BOR zamówieniami publicznymi na środki transportu i uzbrojenie oraz działania w ten sposób na szkodę interesu publicznego”Tamże..
Jerzy Matusik dwukrotnie odchodził na zaopatrzenie emerytalne (w 2007 i 2013 roku), co skutkowało dwukrotnym pobraniem świadczenia, które stanowiło wysokość osiemnastomiesięcznego uposażenia. W wypowiedzi dla prasy oficer powiedział między innymi, że to przywilej, który należy zlikwidować, bo nie przystoi dzisiejszym czasom. (...). Takie jest prawo, choć może budzić niesmak – powiedział „Rzeczpospolitej” gen. Matusik. Dodał, że gdy pełnił funkcję wiceszefa BOR proponował zmianę tego przepisu, ale nie zgodziły się na to związki zawodowe. Wypowiedz budzi kontrowersje, gdyż zgodnie z art 58 ustawy o Biurze Ochrony Rządu funkcjonariusze nie mogą zrzeszać się w związkach zawodowych.