12 marca 2005 roku stoczył przegrany pojedynek z przyszłym zawodnikiem UFC Włochem Lucio Linharesem na gali The Cage Vol. 2 – Capital Collision w Finlandii.
Jeszcze w 2005 tryumfował w kolejnych turniejach, w Holandii oraz prestiżowym European Vale Tudo 5 w kat 91 kg, pokonując kolejno przyszłego tryumfatora turnieju KSW 5, Francuza Francisa Carmonta oraz doświadczonego Portugalczyka Rafaela Silvę.
W latach 2006–2007 walczył głównie na niemieckich galach La Onda oraz Fight Club Berlin. 17 lutego 2007 roku przegrał pojedynek z Amerykaninem Andy Fosterem na gali BODOG Fight.
Swoją ostatnią walkę w karierze stoczył 9 maja 2008 roku na KSW 9, przeciwko Bułgarowi Jordanowi Radiewowi. Jakubowski przegrał wtedy przez decyzję sędziów po czym zakończył karierę.
W 2012 roku podczas gali rozdania nagród Heraklesy 2011 został wprowadzony do Galerii Sław Polskiego MMA.
16 listopada 2023 ogłoszono powstanie filmu dokumentalnego o Grzegorzu Jakubowskim pt. „Jakubek. Człowiek, który urodził się za wcześnie”. Autorem filmu są Maciej „Alf” Glaubus i Łukasz Bukowski. Premiera pierwszej części odbyła się 10 listopada 2024, a druga część została udostępniona tydzień później.