Systematyka thumb|Świnia wisajska należy do tego samego rodzaju, co dzik euroazjatycki Świnia wisajska zalicza się do rodziny świniowatych (Suidae). Obecnie rodzinę tę reprezentuje 18 gatunków. Wszystkie należą do tej samej podrodziny Suinae, która pojawiła się w Europie bądź na zachodzie Azji w środkowym miocenie. Następnie uległy radiacji adaptacyjnej, dzieląc się na liczne rodzaje w kilku plemionach, do których należą Suini. Plemię to obejmuje współczesny rodzaj Sus, czyli świnia. Świnie te dzieli się dalej na dwie główne grupy w zależności od wyglądu twarzy. Do pierwszej należy dzik euroazjatycki, gatunek o gładkiej twarzy liczny w podgatunki. Do drugiej należą gatunki zwane po angielsku Warty Pigs, czyli świniami brodawkowatymi, noszące na twarzy brodawki. Do nich właśnie należy świnia wisajska. Ich różnicowanie, związane z oddzielaniem się populacji na wyspach, przypada na pliocen, pomiędzy 4 a 2,5 milionami lat temu. Wydaje się świnia wisajska najbardziej bazalnym gatunkiem z tej grupy.