Oddzielenie się świni wisajskiej od domowej (badano genom Duroc pig) nastąpiło 3,6 miliona lat temu przy tempie mutacji 4,1 * 10-10 na pokolenie. Niektóre badania genetyczne (mtDNA) wskazywały na bliskie pokrewieństwo świni wisajskiej i świni palawańskiej, wydaje się jednak, że wyniki te wytłumaczyć można hybrydyzacją pomiędzy gatunkami, natomiast świnia palawańska zdaje się być bliską krewną świni brodatej.
Podgatunki Wyróżniono dwa podgatunki Sus cebifrons: Sus cebifrons cebifrons – świnia cebuańska – takson uważany za wymarły Sus cebifrons negrinus – świnia negrosańska.
Badania mtDNA zasugerowały możliwość istnienia kolejnego podgatunku na Panay, niepewny pozostaje także status populacji z Manbate, znanej z pojedynczego okazu.
Etymologia Sus: , suis ‘świnia’, od sus ‘świnia, wieprz’. cebifrons: Cebu, Filipiny; łac. frons, frontis ‘czoło’. negrinus: Negros, Filipiny.