Stosunki dyplomatyczne reaktywowano po podziale Czechosłowacji w 1993. Ambasada Słowacji podjęła swoje obowiązki w 1994, w pałacyku księcia Wasyla Dołgorukowa z 1899 (proj. Ludwik Panczakiewicz) – do 1992 siedziby Biura Radcy Handlowego Czechosłowacji przy ul. Litewskiej 6.
Rezydencję ambasadora zlokalizowano w willi Pauliny Wierzbickiej z przełomu XIX i XX w. przy ul. Nabielaka 4 (2013).
W 1993 utworzono Instytut Słowacki w Warszawie (Slovenský inštitút vo Varšave), z siedzibą od 1995 przy ul. Krzywe Koło 12/14aMilan Novotný: Predstavujeme Slovenské Inštitúty: Varšava, Svet a my, nr. 2/2016.
W przeszłości funkcjonował też Konsulat Generalny w Krakowie (Generálny konzulát v Krakove) przy ul. św. Tomasza 34.
Ambasadorowie 1939 – Ladislav Szathmáry 1994 – Juraj Migaš, chargé d'affaires 1994–1998 – Marián Servátka 1998–2000 – Ondrej Nemčok 2000–2005 – Magdaléna Vášáryová 2005–2010 – František Ružička 2010–2011 – Peter Kormúth, chargé d'affaires 2011–2015 – Vasil Grivna 2015–2020 – Dušan Krištofik 2020 – 2022 Andrej Droba od 2022 – Andrea Elscheková