Decyzji o intronizacji sprzeciwił się Lhatsewa Ngawang Zangpo, wpływowy zwolennik Pemy Karpo, który chciał doprowadzić do intronizacji Pagsama Wangpo (Dpag-bsam Dbang-po). Był to nieślubny syn Chongje Depa’ego. Zwolennicy Zangpo i Depa’ego intronizowali swojego kandydata w klasztorze Tashi Thongmen. Dla zyskania przewagi, rywale Ngawang Namgyala namówili do poparcia ich kandydata władcę z tybetańskiej rodziny królewskiej Tsangpa (prawdopodobnie był to późniejszy król Karma Phuntsok Namgyal (1587–1620)). Mimo tego, za prawdziwą inkarnację uznawano wciąż Ngawang Namgyala, który był bliżej spokrewniony z Tsangpa Gyare, a w dodatku kontrolował tradycyjny ośrodek szkoły Drukpa Kagyu – klasztor Ralung.
Sytuacja zaczęła się jednak komplikować. Po pewnych nieporozumieniach Tybetańczycy zażądali odszkodowania oraz wydania przez klasztor Ralung relikwii, które następnie miały być przekazane Pagasma Wamgpo’emu. W 1616 aresztowano Ngwang Namgyal w celu wyegzekwowania swoich żądań. W tej sytuacji lama porzucił Ralung i udał się do Bhutanu, aby tam założyć nowy ośrodek religijny.