Spod prasy w 1557 roku wyszły dzieła Atenagorasa, Arystotelesa i Ajschylosa następnie dzieła Diodora Sycylijskiego (1559), Ksenofonta (1561), Empiricusa (1562), Tukidydesa (1564), Herodota (1566 i 1581) oraz Sofoklesa (1568) roku. W 1578 roku wydał dialogi Platona, które stały się wzorem dla późniejszych tego typu wydań i stały się standardem paginacji Stephanusa. W latach 1576 i 1587 wydał Nowy Testament we własnym przekładzie na język grecki.Zmarł w 1598 roku w Lyonie.
W sumie wydał ok. 170 książek. Największym jego dziełem jest słownik języka greckiego w 4 tomach, Thesaurus Graecae Linguae (1572). Był orędownikiem czystości języka francuskiego, krytykował jego zachwaszczanie wpływami włoskimi (Dialogues du nouveau langage français italianisé, 1578). W 1565 r. napisał Traité de la conformité du langage français avec le grec, w którym dowodził zarówno doskonałości języka greckiego, jak i niezwykłego podobieństwa języka francuskiego do greki, co czyniło francuszczyznę najdoskonalszym z języków żywych.
Drukarnię Estienne'a przejął wnuk Henryka, Antoni, który porzuciwszy kalwinizm powrócił do Paryża. W 1615 roku został drukarzem królewskim.